La cuisson a pour but : 
  - de stabiliser le moût en dénaturant les enzymes pour arrêter les hydrolyses. De cette façon une partie des dextrines ne sont pas hydrolysées en maltose. Les enzymes sont détruites avant que la température d'ébullition soit atteinte. 
  - de stériliser le moût, en général un quart d'heure d'ébullition permet d'atteindre cet objectif. 
  - de coaguler les protéines. Cela est réalisé lorsque une vive ébullition est obtenue. 
  - de solubiliser les résines amères du houblon qui donne l'amertume. 

Si on laisse cuire le houblon trop longtemps, les huiles essentielles qui donnent le parfum de la bière s'évaporent. Si on cuit pas assez longtemps les principes amer n'ont pas le temps de se solubiliser. Si l'on souhaite obtenir une bière qui a suffisament d'amertume et un goût prononcé de houblon, il faut cuire une partie du houblon et rajouter du houblon une fois que la bière est froide. 

Après ébullition le moût, qui est encore trouble, est clarifié par une nouvelle filtration ou par passage dans un bac tourbillonnaire. Il est ensuite refroidi.